Srovnání fakturačních programů 2026: co vybrat jako OSVČ a malé s.r.o.

Tenhle článek je pro:

• OSVČ na paušálu nebo s daňovou evidencí, které chtějí mít faktury a výdaje pohromadě,
• malá s.r.o., kde účetnictví vede externí účetní a vy jí potřebujete dodávat čisté podklady,
• každého, kdo zvažuje přechod a chce vědět, co dnes za svoje peníze dostane.

Hned na rovinu: píšu to já, Martin Liberda, a stojím za ChytrýmDokladem. Je tedy ve srovnání taky. Proto u všech nástrojů uvádím jen to, co je k 5. 10. 2026 veřejně na jejich oficiálních cenících, a kde jsem něco nedohledal, napíšu to rovnou.

Fakturační program, nebo účetní program?

Než začnete porovnávat ceny, ujasněte si, do které kategorie patříte.

Fakturační program (Fakturoid, iDoklad, Vyfakturuj, ChytrýDoklad): vydané faktury, evidence nákladů, párování plateb, přehled o DPH a dani, export pro účetní. Některé z nich vygenerují i přiznání k DPH a kontrolní hlášení pro portál Moje daně. Podvojné účetnictví ale nevedou.

Účetní program (Pohoda, Money S3, online iÚčto): daňová evidence nebo plné podvojné účetnictví, účetní deník, rozvaha, výsledovka, často i mzdy a sklady. Používají ho účetní a firmy, které si účetnictví vedou samy.

Rychlé pravidlo:

• Jste OSVČ a daně si podáváte sami nebo přes účetní? Stačí vám fakturační program.
• Máte s.r.o. a účetní? Stačí vám fakturační program. Účetní má svůj software a od vás potřebuje hlavně kompletní podklady.
• Máte s.r.o. a účetnictví si chcete vést sami? Potřebujete účetní program, nebo online účetnictví typu iÚčto.

Jak vybírat: 7 kritérií, na kterých opravdu záleží

1. Fakturace

Dnes to umí všichni: QR platba, ARES našeptávač, zálohové faktury, dobropisy, cizí měny. Rozdíly jsou v detailech: pravidelné faktury, nabídky převoditelné na fakturu, více číselných řad. Rozhodovat podle samotné fakturace má smysl jen tehdy, když máte specifické potřeby.

2. Doklady a AI vytěžování

Tady se nástroje liší nejvíc. Účtenky a přijaté faktury tvoří většinu otravné práce. Sledujte, kolik vytěžení je v ceně a kolik stojí další. U některých programů je AI v ceně jen v omezeném počtu, další se dokupují po balíčcích.

3. Párování plateb

Automatické párování buď běží přes napojení na banku (API, často jen u vybraných bank a ve vyšších tarifech), nebo přes import výpisu, nebo, jako u ChytréhoDokladu, přes e-mailové notifikace z banky. Zjistěte si, jestli to funguje s vaší bankou a od jakého tarifu.

4. DPH a daně (EPO)

Pokud jste plátce DPH, pohlídejte si, jestli program umí přiznání k DPH a kontrolní hlášení ve formátu XML pro EPO a v jakém tarifu. Neplátcům se hodí hlídání obratu kvůli registraci k DPH (limit 2 000 000 Kč) a u paušalistů přiznání k dani z příjmů.

5. Cena: skutečná, ne ta z banneru

Porovnávejte stejné věci: měsíční vs. roční platbu, ceny s DPH vs. bez DPH a hlavně tarif, ve kterém jsou funkce, které chcete (párování, DPH, AI). Nejlevnější tarif většinou umí jen fakturovat.

6. Spolupráce s účetní

Přístup pro účetní, export do Pohody nebo Money, případně balíček dokladů na jedno kliknutí. Než se rozhodnete, zeptejte se účetní, co od vás chce dostávat.

7. Import a mobil

Přechod by neměl znamenat přepisování adresáře. A když fotíte účtenky na cestách, potřebujete pohodlné použití v mobilu.

Srovnávací tabulka fakturačních programů 2026

Ceny jsou z oficiálních ceníků, ověřené 5. 10. 2026. U konkurence jsou bez DPH, pokud není uvedeno jinak. Ceníky se mění, před nákupem si je ověřte u výrobce.

Ceny v závorce = měsíčně při roční platbě.

Ceny a klíčové funkce

Typ programu a spolupráce s účetní

* ChytrýDoklad: Start 290 Kč/měs. nebo 2 900 Kč/rok; Zakládající člen 1 990 Kč/rok (prvních 50 účtů); Business 549 Kč/měs. Podmínky v ceníku.

Medailonky: 6 nástrojů v kostce

ChytrýDoklad: doklady a podklady bez ručního přepisování

ChytrýDoklad vznikl pro OSVČ a malá s.r.o., kterým nejvíc času nežere fakturace, ale účtenky, přijaté faktury a párování plateb. Doklad vyfotíte nebo pošlete jako PDF, AI z něj vytáhne dodavatele (přes ARES), částky a DPH a vy to na jedno kliknutí schválíte. Platby se párují z e-mailových notifikací banky, takže nikomu nedáváte přístup do bankovnictví. Na konci měsíce stáhnete ZIP pro účetní (CSV + originály). Pro plátce DPH vygeneruje XML s přiznáním k DPH a kontrolním hlášením pro EPO, paušalistům přiznání k dani z příjmů. Data z iDokladu, Fakturoidu nebo iÚčta převedete importem.

Co neumí: není to účetní program. Účetní deník, rozvahu ani uzávěrku za vás nevede. To dělá vaše účetní ve svém softwaru a ChytrýDoklad jí dodá podklady.

Cena: Start 290 Kč/měs., Business 549 Kč/měs. (přístup pro účetní, víc uživatelů, pokladna). Každá další firma pod jedním účtem za polovinu ceny.

Fakturoid: zavedená online fakturace s dobrým API

Fakturoid (na webu uvádí © 2009–2026) je sázka na jistotu, pokud hlavně fakturujete. Silné stránky: přehledné rozhraní, dobře zdokumentované API, exporty do účetních programů (Pohoda, Money S3, ABRA Flexi, Ježek DUEL a další), průběžný výpočet odvodů a hlídání paušálního pásma už v tarifu Na lehko.

Na co si dát pozor: automatické párování plateb a evidence nákladů s AI jsou až od tarifu Na každý den (211 Kč/měs. při roční platbě) a AI vytěžení se platí zvlášť (100 vytěžení za 400 Kč bez DPH). Přiznání k DPH a kontrolní hlášení jsou až v tarifu Na maximum (393 Kč/měs. při roční platbě). Začínající podnikatelé s IČO mladším 12 měsíců mají 50% slevu na první roční fakturu.

iDoklad: fakturace s návazností na Money

iDoklad má přímou vazbu na Money: uvádí napojení na Money S3/S4/S5 (a také na Pohodu a Vario) a uživatelům Money S3 se zaplacenou aktualizací dává 30% slevu. Dává tedy smysl hlavně tam, kde účetní pracuje v Money. Už v tarifu Základní má sklad a přístup pro 2 uživatele. Má mobilní aplikaci pro iOS i Android a nejdelší zkušební dobu ze srovnání: 60 dní.

Na co si dát pozor: párování s bankou, upomínky i přiznání k DPH a kontrolní hlášení jsou až v tarifu Oblíbený (358 Kč/měs. při roční platbě, 430 Kč při měsíční). AI vyčítání dokladů: 3 v ceně, dalších 100 za 500 Kč bez DPH.

Vyfakturuj: když máte víc firem a platební brány

Vyfakturuj už v tarifu Mini nabízí neomezenou fakturaci, přístup pro účetního a párování plateb s bankou. Tarif Profi zahrnuje 3 firmy (IČO) pod jedním účtem a až 10 uživatelů, což se hodí, když máte živnost a k tomu jedno nebo dvě s.r.o. Tarif Ideal přidává napojení na 7 platebních bran. Začínajícím podnikatelům nabízí slevu 80 % (podmínky na webu).

Na co si dát pozor: u DPH ceník uvádí „částečně vyplněné podklady“ pro Moje daně, ne hotové podání. AI vytěžování nákladů jsem v ceníku nenašel.

iÚčto: online účetnictví, ne jen fakturace

iÚčto je z tohohle výběru jediné online účetnictví. Kromě fakturačního tarifu má tarif Sólo pro ty, kdo si vedou daňovou evidenci nebo účetnictví sami, a tarify Firma a Max pro firmy. Pokud máte s.r.o. a účetnictví si chcete vést sami v prohlížeči, je to logická volba.

Na co si dát pozor: online napojení na banky, exporty pro EPO a mobilní aplikace jsou až v tarifu Firma (496 Kč/měs. při roční platbě, 595 Kč při měsíční). AI zpracování dokladů je omezené počtem: 5 dokladů ve Fakturaci, 30 ve Firmě.

Pohoda: plnohodnotný účetní software

Pohoda od Stormware je klasický desktopový účetní program a v mnoha účetních kancelářích standard. Řada Mini pokrývá daňovou evidenci, fakturaci a DPH (přiznání, kontrolní i souhrnné hlášení). Vyšší řady přidávají podvojné účetnictví, sklady a další agendy.

Na co si dát pozor: platí se licence jednorázově (Mini 2 980 Kč, nejvyšší řada Komplet 19 980 Kč bez DPH) plus roční SERVIS za legislativní aktualizace (Mini 980 Kč, Komplet 5 790 Kč; ceny platné od 1. 9. 2026). Pro OSVČ, která jen fakturuje, je to zbytečně složité. Pro účetní a firmy s vlastním účetnictvím je to naopak správný nástroj.

Pro koho co: 5 typických situací

OSVČ na paušálu, pár faktur měsíčně, skoro žádné náklady. Vystačíte si s bezplatnou verzí (Fakturoid, iDoklad, Vyfakturuj do 5 odběratelů), nebo s nejlevnějším tarifem. Řešte hlavně hlídání limitu DPH.

OSVČ s reálnými výdaji, hodně účtenek (řemeslníci, obchod, cestování). Rozhoduje vytěžování dokladů a párování. Spočítejte si, kolik dokladů měsíčně máte a kolik by vás AI stála v jednotlivých nástrojích. Tady je ChytrýDoklad silný, protože vytěžování má v ceně bez limitu.

Malé s.r.o. s externí účetní. Potřebujete čisté podklady a přístup pro účetní. Zeptejte se jí, v čem pracuje: pokud v Money, dává smysl iDoklad; pokud jí stačí CSV + originály dokladů, ChytrýDoklad (Business i s přístupem pro účetní); pokud chce export do Pohody, Fakturoid nebo Vyfakturuj.

Plátce DPH, který si přiznání podává sám. Hledejte XML přiznání k DPH a kontrolní hlášení pro EPO a ověřte si, v jakém tarifu jsou. Mezi tarify jednotlivých nástrojů jsou velké cenové rozdíly.

S.r.o., která si chce účetnictví vést sama. Fakturační program vám stačit nebude. Vyberte si účetní program: online iÚčto, nebo desktopovou Pohodu či Money S3.

Časté otázky

Jaký je nejlepší fakturační program pro OSVČ v roce 2026?

Univerzálně nejlepší neexistuje. Pokud hlavně fakturujete, stačí zavedená fakturace typu Fakturoid nebo iDoklad. Pokud vám nejvíc času berou účtenky a párování plateb, vyberte nástroj s AI vytěžováním v ceně, například ChytrýDoklad.

Je fakturační program totéž co účetní program?

Ne. Fakturační program řeší faktury, doklady, platby a podklady pro daně. Účetní program vede daňovou evidenci nebo podvojné účetnictví včetně účetního deníku a uzávěrky. OSVČ a s.r.o. s externí účetní obvykle účetní program nepotřebují.

Je ChytrýDoklad účetní program?

Není. ChytrýDoklad je fakturace a správa dokladů s AI vytěžováním, párováním plateb a podklady pro DPH. Účetnictví vede vaše účetní ve svém softwaru a z ChytréhoDokladu dostane ZIP s daty a originály dokladů.

Umí fakturační program podat přiznání k DPH?

Některé ano: vygenerují XML s přiznáním k DPH a kontrolním hlášením, které nahrajete na portál Moje daně (EPO). Často je to ale až ve vyšších tarifech, proto si to ověřte v ceníku.

Dá se přejít z jiného programu bez přepisování?

Většinou ano, přes export a import. ChytrýDoklad umí import z iDokladu, Fakturoidu a iÚčta včetně kontaktů, faktur, ceníků a číselných řad.

Kolik stojí fakturační program?

K 5. 10. 2026 začínají nejlevnější placené tarify zhruba od 150 do 300 Kč měsíčně bez DPH. Funkce jako párování plateb nebo podání DPH ale bývají až ve vyšších tarifech, takže srovnávejte tarif, který opravdu potřebujete.

Závěr: vybírejte podle toho, kde ztrácíte čas

Fakturu dnes vystaví každý program. Rozdíl je v tom, co se děje kolem: kolik času strávíte nad účtenkami, jestli víte, kdo zaplatil, a jestli účetní nemusí dodělávat vaše podklady. Pokud si účetnictví vedete sami, sáhněte po účetním programu. Pokud ho za vás vede účetní, potřebujete hlavně dobrý fakturační program.

Jestli je vaším problémem hlavně papírování kolem dokladů, vyzkoušejte ChytrýDoklad na 14 dní zdarma: stačí IČO a e-mail, kartu nezadáváte. Nahrajte pár účtenek z minulého měsíce a za týden budete vědět, jestli vám to šetří čas. Ceny najdete v ceníku.

Ceny a funkce ověřeny na oficiálních stránkách výrobců 5. 10. 2026: fakturoid.cz/cenik, idoklad.cz/cenik, vyfakturuj.cz/cenik, iucto.cz/cenik, stormware.cz/pohoda/cenik.aspx, chytrydoklad.cz. Pokud jsme něco přehlédli nebo se ceník změnil, napište na martin@chytrydoklad.cz a opravíme to.